(一)要求土壤墒情适宜。土壤太干或太湿都不利于菌肥肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿土壤湿度最为适宜。
(二)不能与杀菌剂混用。活性菌是菌肥的主要体现，与杀菌剂混用，杀菌剂杀灭了菌肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。
(三)不能与化肥混用。化肥多数为无机盐类的化学物质和有机化合物中易分解而产生无机盐类的肥料。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，进而影响微生物的存活。尤其值得注意的是：不能与碳酸氢铵等生理碱性肥料和硝酸铵等生理酸性肥料混用。
(四)不同种类的菌肥也不宜混用。市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌种类、作用不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。
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